Året er 1536. Et skip på vei til India blir overfalt av pirater utenfor kysten av Afrika. Den eneste overlevende er Kit Walker, kapteinens sønn. Han ble tatt hånd om av en vennlig afrikansk stamme som fikk ham på beina igjen. Ved hodeskallen til sin fars morder sverger den unge Kit at han skal bekjempe sjørøveri, ondskap og urettferdighet, og at alle hans etterkommere skulle gjøre det samme. Og med det oppsto Fantomet.
I tegneserien følger man Fantomet på alle hans eventyr og i kampen mot all verdens ondskap. Men vi følger også hans personlige utvikling. Vi er med når han får barn, og når han dør. Da tok hans sønn over Fantomet-drakten etter ham, og fortsatte kampen om urettferdighet. Når det nye Fantomet døde, tok hans sønn over etter ham igjen – og slik har det foregått frem til i dag. Det gjorde at alle Fantomet kjempet mot trodde at han var udødelig, og han fikk tilnavnet «Ånden som går».
Det første Fantomet slo seg ned i en grotte på det afrikanske kontinentet, og siden lagde han inngangen om til en hodeskalle. Det ble hjemmet til Fantomet, og alle etterkommerne, og hodeskallen har blitt det ultimate symbolet på superhelten.